16S rDNA 扩增子测序:16S rDNA为原核生物中编码核糖体小亚基rRNA的DNA序列,具有9个高变区域(V1-V9)和10个保守区域,其中保守区反映细菌种属间亲缘关系,高变区反映了物种间的特异性,选择通用引物进行PCR扩增,进而通过新一代测序技术对16S rDNA的单个或多个高变区进行测序,来分析环境或者临床样本中古菌或细菌的群落结构多样性。
18S rDNA扩增子测序:18S rDNA真核生物中编码核糖体小亚基rRNA的DNA序列,具有可变区(V1-V9,没有V6区)和保守区。保守区反映生物物种间的亲缘关系,高变区反映物种间的差异。选择通用引物进行PCR扩增,进而通过新一代测序技术对18S rDNA的高变区(一般选择V4区)进行测序,来分析环境或者临床样本中真核生物群落结构多样性。
ITS扩增子测序:ITS分为两个区域:ITS1/ITS2,其中ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8S和28S之间。通过新一代测序技术对ITS1或者ITS2进行测序,进一步做环境微生物中真菌多样性分析。
实验路线
数据分析流程
方案策略
技术参数
样本要求
环境及临床样本(干冰或冰袋运送)
土壤≥ 10 g(污染土壤样本要适当增加送样量,20 g);粪便≥ 2 g;
水体样本:滤膜(0.22 µm滤膜) ≥ 2个;拭子样本≥ 2个;
DNA/PCR产物(干冰或冰袋运送)
DNA:浓度≥ 20 ng/μL;总量≥ 400 ng;DNA要有明显主带,无降解;OD260/280= 1.8-2.0
PCR 产物:浓度≥ 20 ng/μL,总量≥ 400 ng,片段大小< 450 bp,条带单一,无降解,无引物二聚体
数据分析结果展示
案例解析