高通量测序：高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序。

高通量测序应用于：基因组测序、转录组测序、宏基因组测序、重测序， 小RNA测序、ChIP-Seq测序，微生物多样性分析、转录组de novo测序、微生物基因组序、小RNA测序、表达谱、ChIP-Seq， 基因组重测序、外显子组测序、甲基化测序等。

Illumina公司开发的MiSeq测序仪，它是Illumina公司于2011年2月推出的小型测序平台，是一台内置簇生成和数据产生的测序仪，具有测序速度快，数据准确的优点，可实现300bp×2的测序长度，具备革命性的便捷流程。HiSeq 4000同时采用了HiSeq X ten的Patterned Flow cell，将测序通量提高到1.5T/run，能同时测序12个基因组或100个转录组或180个外显子组；同时读长更长，2×150bp的超长读长，能获得更佳的序列拼接效果；测序速度更快，达到3.5d/run的极速测序周期。