单细胞转录组测序利用 GemCode™技术的微流控技术进行单个细胞分选，将带有条形码和引物的凝胶珠和单个细胞包裹在油滴中；在每个油滴内，凝胶珠溶解，细胞裂解释放mRNA，通过逆转录产生用于测序的带条形码的cDNA；液体油层破坏后，cDNA后续进行文库构建，结合Illumina测序平台对文库进行测序检测，即可一次性获得大量单细胞的基因表达数据，从而达到在单细胞水平进行表达测序的目的。10× Genomics的Chromium Single Cell单细胞测序技术的发展，极大地促进了单细胞组学研究。

技术特点：

·  超高的捕获效率（单个细胞捕获效率65%）

·  全自动真正单细胞分离、实验周期短

·  超高的细胞通量（每个样本最多可测10000个细胞）

·  超低的单个细胞价格

·  通量高（可同时检测8个样本）

应用层面：

·  单细胞转录组：单细胞转录组测序使人们能够对异质群体中的细胞亚群进行全面的研究，追踪单个细胞的表达谱，鉴定稀有细胞类型。有效地解决组织样本无法破解的细胞异质性难题。

·  单细胞基因组（CNV)：单细胞基因组测序能够检测单细胞水平的CNV，适合肿瘤研究。

· 单细胞免疫组库：单细胞免疫组库测序解决了TCR/BCR双链匹配的问题，可以在单细胞水平完美匹配TCR/BCR双链。

· 单细胞ATAC-seq：在单细胞层面利用改造后活性极高的转座酶切割开放染色质区域，对此区域进行测序，是转录调控机制研究领域的一种高效、简便的方法。

样本准备要求：

·  细胞数量与浓度：细胞起始数量大于1x10⁵；浓度 5x10⁵-1.2x10⁶ /ml；

·  细胞活性：活细胞数量在90%以上；

·  细胞大小：细胞直径小于40 μm；

·  组织需要解离成单细胞悬液；

· 植物细胞需要制成原生质体；

·  细胞培养基及缓冲液不能含有Ca²⁺和Mg²⁺等影响酶活性的物质。