所在地区:上海市 嘉定区
收藏机构分析内容:
1.下机数据质控:过滤测序质量值低的reads,获得高质量的Clean data;
2.基因组组装:利用组装软件对Clean data进行组装,多次调整参数及补洞后获得基因组序列;
3.基因组组分分析:组装完成后,分析样品的基因组组分,包括编码基因、ncRNA和repeat;
4.基因功能注释:与通用功能数据库比对获得样本的基因功能注释信息,并对特定功能进行分类;
5.菌株高级特性分析:研究菌株基因组的特殊组成情况,包括特殊功能数据库(如PHI、P450、DFVF、CAZy)注释和分泌蛋白、次级代谢基因簇的预测;
6.比较基因组分析:从基因组、基因两个层面比较样品与参考基因组的差异,包括共线性比较,SNP、Indel、SV检测,Core-Pan分析,物种进化分析等。