目前基于质谱仪器的蛋白质组学研究多数利用EBI的IPI、NCBI的NR和SWISSPROT作为 数据库对蛋白进行检索鉴定。因此，在已获取这三类数据库的实验鉴定结果后，我们可以实 现以下分析：

• 数据库交叉注释批量查询
• ID 号比较多次实验交盖性
• 蛋白序列分析
• 数据库功能注释查询（Gene Ontology）
• 网络分析（KEGG）
• 蛋白质相互作用分析（String，IPA）
• 差异蛋白质筛选
• 共表达模式分析
• 分层聚类挖掘
• 修饰蛋白质组学分析