分析内容：

1．下机数据质控：过滤测序质量值低的reads，获得高质量的Clean data；

2．基因组组装：利用组装软件对Clean data进行组装，多次调整参数及补洞后获得基因组序列；

3．基因组组分分析：组装完成后，分析样品的基因组组分，包括编码基因、ncRNA和repeat；

4．基因功能注释：与通用功能数据库比对获得样本的基因功能注释信息，并对特定功能进行分类；

5．菌株高级特性分析：研究菌株基因组的特殊组成情况，包括特殊功能数据库（如PHI、P450、DFVF、CAZy）注释和分泌蛋白、次级代谢基因簇的预测；

6．比较基因组分析：从基因组、基因两个层面比较样品与参考基因组的差异，包括共线性比较，SNP、Indel、SV检测，Core-Pan分析，物种进化分析等。