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上海伯豪生物技术有限公司

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circRNA测序服务

检测能力
  • circRNA测序服务
    能力名称:circRNA测序服务
    一级类别:
    二级类别:
    标准名称/编号:
    限制说明:
    资质说明:

检测分类

全部

  • 适用范围:circRNA测序服务
  • 服务简介:

    环形RNA是mRNA在剪接的过程中,上游exon的5’端与下游exon的3’端剪接到一起,从而形成的首尾相接的环状RNA分子。 近来的研究表明,高等动物中环状RNA的种类和含量远远超过预期。最近的研究发现circularRNA可以作为“microRNA海绵”,竞争结合microRNA从而解除这些microRNA对其他靶标的调控;同时保守型分析发现环状RNA上潜在具有多种RNA结合蛋白的结合位点,暗示circular RNA可以调控RNA结合蛋白的功能。更为重要的是,circular RNA的表达呈现出很强的组织特异性,暗示这些circular RNA具有重要的生物学功能。但目前对circular RNA的研究刚刚起步,这类RNA的生物学功能还有待挖掘,因此是一个值得深入的研究方向。


     环状RNA特点

    1. 大多存在于细胞质中,且序列高度保守; 
    2. 一般细胞或组织中,环状RNA较稳定,半衰期在48h,其他mRNA(线性)半衰期约为10h。 
    3. 不同细胞中表达的环状RNA可能不同; 
    4. 同一个基因可能即产生线性mRNA,又可以转录成环状RNA;
    5. 总量估计,外显子环状RNA(exonic circRNA)的量约为polyA mRNA(线性mRNA)的1%;占所有非核糖体RNA的0.8%; 
    6. 大部分为ncRNA。 


    样本要求

    • 样本类型:细胞、新鲜组织或足量total RNA
    • 样品量:≥5ug纯化后的total RNA(需保证提供的细胞及组织样本可以提取到足量RNA),最低浓度不低于50ng/µl
    • 样本质量:OD 260/280值应在1.9~2.2 之间;DNA 应该去除干净,RNA无降解;RIN值大于等于7
    • 样品保存运输:RNA用离心管保存,封口膜封口后用干冰运输,组织样品则用冻存管保存,干冰或液氮运输 


    验流程



     

    检测原理

    通过高通量测序技术检测circRNA最关键的原理是寻找反向剪接的reads,即back-splicing reads。



    数据分析


    分析结果

    1. circRNA预测及数目统计

    应用Memczak等[1]的方法进行circRNA的预测。每个样本mapping到基因组各个染色体的reads以及back-splicing reads可以通过圈图展示。


    图1. 基因组覆盖分布图。

    以1K的窗口得出基因组的一个覆盖分布,图中最外圈为基因组,里面每一个圈表示一个样本的染色体reads覆盖,其中红色代表该样本中back-splicing reads的覆盖情况。


    对所有预测获得的circRNA与circBase数据库[2]的已知circRNA的位置信息进行比较,可以区分出新预测出来的novel circRNA和已知的known circRNA,统计如下:


    2. circRNA表达定量及差异分析

    目前,对于绝大多数的circRNA而言都无法获得其完整的序列[3],因此只能用circRNA的back-splicing位点处的junction reads来计算其表达量,这里我们采用SRPBM [4]对reads进行归一化处理。用edgeR [5]软件计算筛选差异表达的circRNA,得出p-value后进行多重假设检验校正,通过控制FDR(False Discovery Rate)来决定p-value的阈值,校正后的p-value即q-value。


    图2. circRNA差异表达散点图和火山图

    3. circRNA关联基因的GO和KEGG富集分析

    根据circRNA的位置信息,可以获得与circRNA所在基因组位置上相关联的蛋白编码基因,然后我们对差异circRNA所对应的基因进行GO和KEGG富集分析。

    图3. circRNA关联基因的GO富集散点图


    图4. circRNA关联基因的KEGG富集散点图

    4. circRNA-miRNA靶向预测及网络构建

    用miRanda软件[6]预测差异表达circRNA与miRNA的靶向结合关系,并绘制网络图。


    图5. circRNA-miRNA相互作用网络图
检测能力 检测标准 标准编号 限制范围 资质说明
circRNA测序服务